В соответствии со статьей 346.26 Налогового кодекса РФ налогоплательщики, осуществляющие наряду с предпринимательской деятельностью, подлежащей налогообложению единым налогом, иные виды предпринимательской деятельности, обязаны вести раздельный учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом, и предпринимательской деятельности, в отношении которой налогоплательщики уплачивают налоги в соответствии с иным режимом налогообложения.
Следовательно, за период, когда у вас не было доходов от деятельности, облагаемой единым налогом на вмененный доход, расходы распределять не надо.