Согласно п.п.11 и 15 ПБУ 10/99 «Расходы организации» расходы, связанные с оплатой услуг, оказываемых кредитными организациями, в сумме, исчисленной в денежном выражении и равной величине оплаты, относятся к операционным расходам, подлежат зачислению на счет прибылей и убытков и отражаются в соответствии с Планом счетов бухгалтерского учета финансово – хозяйственной деятельности предприятий.
На основании п.1 ст.252 НК РФ расходами для целей налогообложения прибыли признаются обоснованные и документально подтвержденные затраты. В данном случае плата уполномоченному банку за осуществление функций агента валютного контроля является для организации необходимым условием для проведения импортной валютной сделки.
Для целей бухгалтерского учета расчетов с банком за комиссию по валютному контролю можно использовать счет 76 «Расчеты с дебиторами-кредиторами».