На момент продажи магазина был снят с учёта как ИП.Магазин в собственности более 3х лет.Какой…

Доход полученный от продажи данного помещения, на основании  абз. 2 п. 17.1 ст. 217 НК РФ облагается НДФЛ.

В декларации по налогу на доходы физических лиц по форме 3-НДФЛ он должен указать свой доход от продажи магазина и применить имущественный налоговый вычет.

Как следует из письма МФ РФ от 09.06.12 № 03-04-05/3-716, если физическим лицом продано нежилое помещение, которое использовалось в целях осуществления предпринимательской деятельности, после прекращения осуществления такой деятельности, то хотя согласно п. 17.1 ст. 217 Кодекса не подлежат обложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.

НО ПРИ ЭТОМ согласно абз. 2 п. 17.1 ст. 217 Кодекса положения указанного пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от продажи имущества, непосредственно используемого индивидуальными предпринимателями в предпринимательской деятельности.

Таким образом, доходы, полученные от продажи нежилого помещения, которое непосредственно использовалось в предпринимательской деятельности, подлежат включению в налоговую базу по налогу на доходы физических лиц.

В декларации по налогу на доходы физических лиц по форме 3-НДФЛ бывший ИП как физ.лицо  должен указать свой доход и применить имущественный налоговый вычет.