По вашему впросу надо уточнить:каким является ваше бюджетное учреждение- казенным или муниципальным??? Если оно казенное: Начиная с 2012 г. организации и предприниматели, арендующие госимущество у казенных учреждений, не являются налоговыми агентами по НДС (п. 3 ст. 161 НК РФ). С начала текущего года операции по выполнению работ и оказанию услуг казенными учреждениями не облагаются НДС (пп. 4.1 п. 2 ст. 146 НК РФ). Аналогичные разъяснения содержатся в Письме Минфина России от 27.03.2012 N 03-07-11/86.
Если муниципальное учреждение: Статья 161 НК РФ (глава 21). Особенности определения налоговой базы налоговыми агентамип. 3. При предоставлении на территории Российской Федерации органами государственной власти и управления и органами местного самоуправления в аренду федерального имущества, имущества субъектов Российской Федерации и муниципального имущества налоговая база определяется как сумма арендной платы с учетом налога. При этом налоговая база определяется налоговым агентом отдельно по каждому арендованному объекту имущества. В этом случае налоговыми агентами признаются арендаторы указанного имущества. Указанные лица обязаны исчислить, удержать из доходов, уплачиваемых арендодателю, и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога.Поэтому, если вы арендуете муниципальное (государственное и пр.) помещение то выручка по аренде облагается НДС, но муниципалы (государство и проч.) не являются плательщиками НДС. Поэтому арендатор сам перечисляет НДС в бюджет по этой выручке. Аренду-арендодателю, НДС – в бюджет.