В соответствии со статьей 346.26 НК РФ в отношении розничной торговли применяется система налогообложения в виде единого налога на вмененный доход, при этом под розничной торговлей для применения данного налога понимается торговля товарами и оказание услуг покупателям за наличный расчет, а также с использованием платежных карт.
Деятельность, связанная с розничной торговлей, осуществляемой с использованием безналичных форм расчетов, не подпадает под действие единого налога на вмененный доход.
Поэтому Вы обязаны вести раздельный учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении деятельности, переведенной на уплату ЕНВД и деятельности, в отношении которой обязаны уплачивать налоги в общеустановленном порядке.