В соответствии со статьей 210 Налогового кодекса при определении налоговой базы по налогу на доходы физических лиц учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им как в денежной, так и в натуральной формах, или право на распоряжение которыми у него возникло, а также доходы в виде материальной выгоды, определяемой в соответствии со статьей 212 НК РФ.
Если из дохода налогоплательщика по его распоряжению, по решению суда или иных органов производятся какие-либо удержания, такие удержания не уменьшают налоговую базу.
Таким образом, из начисленной заработной платы вы удерживаете налог на доходы физических лиц, и из оставшейся суммы погашаете долг сотрудника.