Организации применящие УСН не могут выделять в счетах фактурах НДС, если все таки организация выделяет…

Подпунктом 1 п. 5 статьи 173 Налогового кодекса РФ установлено, что если лицо, не являющееся плательщиком НДС (или освобожденное от обязанностей плательщика НДС), выставит покупателю товаров (работ, услуг) счет-фактуру с выделением суммы НДС, то такое лицо будет обязано уплатить соответствующие суммы НДС в бюджет в установленные сроки.
Приведенная норма позволяет налогоплательщикам, применяющим упрощенную систему налогообложения, выставлять счета-фактуры с выделением НДС и уплачивать выделенные суммы налога в бюджет в установленные сроки.
Следовательно, если организация не является плательщиком налога на добавленную стоимость и, тем не менее, выставляет счета-фактуры с выделением суммы НДС, то она обязана перечислить выделенные суммы НДС в бюджет в установленные сроки и подать декларации за данный налоговый период.
Если Ваша организация указанные суммы НДС перечислит в бюджет своевременно, то у налоговых органов не будет оснований для предъявления вам штрафных санкций.
Следует отметить, что согласно Письма Минфина РФ от 16.04.04 № 04-03-11/61 при исчислении налоговой базы по единому налогу в составе расходов, уменьшающих доходы, должны учитываться суммы только тех налогов и сборов, от уплаты которых организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, не освобождены. И суммы налога на добавленную стоимость, выделенные в счетах-фактурах, выставленных покупателям товаров (работ, услуг), по собственному желанию организациями, применяющими упрощенную систему налогообложения, и уплаченные ими в бюджет, при определении объекта налогообложения по единому налогу в составе расходов не учитывается.