Минфин России выпустил два Письма, посвященные особенностям заполнения и регистрации счетов-фактур в Книге покупок и Книге продаж.
В Письме от 25.08.2004 № 03-04-11/135 разъяснен порядок регистрации счетов-фактур, составленных при получении авансовых платежей. Сумма НДС по полученным авансам определяется расчетным методом, поэтому при составлении счета-фактуры она не выделяется отдельно, а учитывается в стоимости товара в графе 9 «Стоимость товаров (работ, услуг), всего с учетом налога». Графа 5 «Стоимость товаров (работ, услуг), всего без налога» не заполняется. При регистрации таких счетов-фактур в Книге продаж не нужно заполнять и графу 5а «Стоимость продаж без НДС».
Чтобы принять к вычету НДС, уплаченный с аванса, необходимо после реализации товара счет-фактуру, ранее выписанный и зарегистрированный в Книге продаж, зарегистрировать в Книге покупок. При этом в графе 5 продавец должен указать свое наименование, поскольку именно он уплатил НДС с аванса в бюджет.
В Письме Минфина России от 26.07.2004 № 03-04-08/45 напоминается, что налогоплательщики обязаны выставлять счета-фактуры не позднее пяти дней с момента отгрузки товаров, независимо от учетной политики по НДС.