Наше предприятие сменило бухгалтера, новый бухгалтер трактует обложение НДС по отгрузке как все отгруженные счета…

В соответствии со статьей 162 Налогового кодекса РФ налоговая база по налогу на добавленную стоимость увеличивается на суммы авансовых или иных платежей, полученных в счет предстоящих поставок товаров, выполнения работ или оказания услуг.
Таким образом, ваш новый бухгалтер прав.