В своем письме от 04.11.2004 года № 03-03-02-04/1/44 Минфин РФ разъясняет, что при применении упрощенной системы налогообложения при определении объекта налогообложения в виде доходов, уменьшенных на величину расходов, налогоплательщик согласно п.п. 8 п. 1 статьи 346.16 Налогового кодекса РФ вправе включить в расходы суммы налога на добавленную стоимость по приобретаемым товарам (работам и услугам), а в соответствии с п.п. 22 п. 1 статьи 346.16 НК РФ – суммы налогов и сборов, уплаченные в соответствии с законодательством РФ о налогах и сборах.
В соответствии с п.п. 23 п. 1 статьи 346.16 НК РФ при определении объекта налогообложения в виде доходов, уменьшенных на величину расходов, налогоплательщик вправе уменьшить полученные доходы на расходы по оплате стоимости товаров, приобретенных для дальнейшей реализации, уменьшенные на величину расходов, указанных в п.п. 8 п. 1 статьи 346.16 НК РФ, т.е. на суммы налога на добавленную стоимость по приобретаемым товарам (работам и услугам).
Таким образом, при применении упрощенной системы налогообложения при определении объекта налогообложения в виде доходов, уменьшенных на величину расходов, суммы налогов и сборов, уплаченные в соответствии с законодательством РФ о налогах и сборах (включая суммы уплаченного налога на добавленную стоимость по приобретенным товарно-материальным ценностям), учитываются в расходах отдельно.
Таким образом, налог на добавленную стоимость, оплаченный поставщикам, включать в стоимость товаров не надо. Он должен уменьшать налоговую базу как самостоятельный расход. Это означает, что в Книге учета доходов и расходов сумма НДС должна отражаться отдельной строкой.