В соответствии со статьей 346.11 НК РФ организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, не признаются плательщиками НДС, за исключением НДС, подлежащего уплате в соответствии с настоящим Кодексом при ввозе товаров на таможенную территорию Российской Федерации.
Согласно пп.1 п.5 ст.173 НК РФ организация, определяющая свои налоговые обязательства в рамках специального налогового режима в виде упрощенной системы налогообложения, при выставлении покупателю счета-фактуры с выделением НДС полученный от покупателя налог обязана перечислить в бюджет.
В вашей ситуации в первичных документах НДС выделен не был, счета-фактуры Вы не выставляли, а значит, ошибочное выделение арендатором суммы НДС в платежных документах не может служить основанием для начисления и уплаты НДС.