Статьей 172 НК РФ определено, что основанием для применения налоговых вычетов по НДС является соблюдение трех основных моментов:
– наличие счет-фактуры от продавца (то есть от вашего предприятия),
– наличие документов, подтверждающих фактическую уплату сумм налога,
– оприходование (принятие на учет) соответствующих товаров (работ, услуг).
Таким образом, если ваше предприятие не выставляло арендатору счета-фактуры на оказанные услуги по предоставлению помещения в аренду, у последнего не возникает оснований для возмещения НДС из бюджета.
Что касается письма, то безусловно оно может являться дополнительным аргументом, подтверждающим что полученные вами суммы не облагаются НДС.