В соответствии со статьей 346.11 Налогового кодекса РФ организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с настоящим Кодексом при ввозе товаров на таможенную территорию РФ.
Таким образом, организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, не являются плательщиками НДС, не выписывают своим покупателям (заказчикам) счета-фактуры и осуществляют расчеты с ними без выделения в первичных документах сумм налога.