В этой ситуации речь должна идти о том, что организация – арендатор на основании статьи 161 Налогового кодекса РФ является налоговым агентом при аренде федерального имущества, имущества субъектов Российской Федерации и муниципального имущества. Арендатор должен самостоятельно исчислить и уплатить в бюджет НДС отдельным платежным поручением. При этом не важно, что арендатор не является плательщиком НДС.