Позиция МНС России по данному вопросу изложена в письме 28.07.2004 № 03-1-08/1876/14@. В письме говорится, что принять к вычету сумму НДС, уплаченную при приобретении оборудования, требующего монтажа, можно только после постановки его на учет в качестве основных средств.
Другую позицию в данном вопросе занял Президиум ВАС РФ, в решении которого от 24.02.2004 № 10865/03 говорится, что принять к вычету НДС, уплаченный за приобретенное оборудование, требующее монтажа, можно после постановки его на учет на счете 07 «Оборудование и установка».
Учитывая, что однозначно этот вопрос в Налоговом кодексе не урегулирован, Вам придется самостоятельно принимать решение по данному вопросу – возмещать НДС в момент постановки оборудования на учет в качестве основного средства или сразу после постановки оборудования на учет на счете 07 (при этом быть готовыми отстаивать свою позицию в суде).