В соответствии с п.7 статьи 78 Налогового кодекса РФ сумма излишне уплаченного налога подлежит возврату по письменному заявлению налогоплательщика. В случае наличия у налогоплательщика недоимки по уплате налогов и сборов или задолженности по пеням, начисленным тому же бюджету (внебюджетному фонду), возврат налогоплательщику излишне уплаченной суммы производится только после зачета указанной суммы в счет погашения недоимки (задолженности).
Таким образом, если бюджеты разные, то вам нужно подать заявление о возврате налога.