ИП находящийся на упрощенной системе налогообложения освобождается от уплаты НДС. В вашем случае в счете нужно указать “Без НДС” или можно исключить эту графу вообще.
Фирма находящаяся на обычной системе налогообложения не заинтересована в работе с фирмами находящиеся на упрощенной системе налогообложения, поскольку последние не являются плательщиками НДС, соответственно клиенты этих фирм и ИП не имеют возможности возместить НДС по приобретенным товарам, работам, услугам.